作业帮怎么用bioedit在基因组序列中找出已知序列的序列相似最近在做实验,需要用到生物信息学软件,但不知怎么用,望高手指教..具体是对实验室中的一种菌进行了基因组测序,得到很多Contig,现有另
来源：学生作业帮助网 编辑：作业帮 时间：2024/04/30 05:03:44
怎么用bioedit在基因组序列中找出已知序列的序列相似最近在做实验,需要用到生物信息学软件,但不知怎么用,望高手指教..具体是对实验室中的一种菌进行了基因组测序,得到很多Contig,现有另
怎么用bioedit在基因组序列中找出已知序列的序列相似
最近在做实验,需要用到生物信息学软件,但不知怎么用,望高手指教..具体是对实验室中的一种菌进行了基因组测序,得到很多Contig,现有另一种菌的一个基因序列,怎么利用bioedit软件在基因组序列中找出与这个基因序列相似性较高的Contig,不胜感激!
怎么用bioedit在基因组序列中找出已知序列的序列相似最近在做实验,需要用到生物信息学软件,但不知怎么用,望高手指教..具体是对实验室中的一种菌进行了基因组测序,得到很多Contig,现有另
Bioedit提供了本地blast工具（菜单里的local blast 功能）,如图一.
你需要把基因组数据做成本地数据库,使用菜单里的create a local nucleotide database file功能建立本地DNA数据库,建库的原始数据需要做成fasta格式的,建成的数据库存放在...\bioedit\database文件夹里.
然后用另一种菌的基因序列和基因组本地数据库做blastn或者tblastx（图二）,就能找到与这个基因序列相似性较高的contig了.
我的bioedit版本较低,估计也能参考吧.
也可以直接从NCBI下载本地blast相关程序,使用dos命令行操作.
1. 用已有的contig序列制作一个数据库。
2. 用新的序列作为query, 数据库选择刚刚建好的那个，设置blastn参数(就是定义相似性）
通常看e-value，越小越好，然后看hits的长度。如果相似性很高，但覆盖率比较小，也不是你希望的结果。