在NCBI中如何查询基因的功能就是说,知道一个基因的名称,想知道功能,在NCBI中如何查询.我只知道怎么查询基因的位置.还有想问问,如果知道一个区域,怎么知道这个区域里有哪些基因?楼下说的

来源:学生作业帮助网 编辑:作业帮 时间:2024/05/09 10:33:16

在NCBI中如何查询基因的功能就是说,知道一个基因的名称,想知道功能,在NCBI中如何查询.我只知道怎么查询基因的位置.还有想问问,如果知道一个区域,怎么知道这个区域里有哪些基因?楼下说的
在NCBI中如何查询基因的功能
就是说,知道一个基因的名称,想知道功能,在NCBI中如何查询.我只知道怎么查询基因的位置.还有想问问,如果知道一个区域,怎么知道这个区域里有哪些基因?
楼下说的ORF有是什么呢?ORF在数据的什么地方呢?
fasta格式有是什么呢?

在NCBI中如何查询基因的功能就是说,知道一个基因的名称,想知道功能,在NCBI中如何查询.我只知道怎么查询基因的位置.还有想问问,如果知道一个区域,怎么知道这个区域里有哪些基因?楼下说的
知道了名字,在搜索框里输入后可以看到相应的搜索结果,然后点击进去,有个“MIM”(在线孟德尔遗传)就可以看到它的功能.
ORF是开放阅读框,指的是mRNA上编码氨基酸的那段序列,从AUG开始,直到终止子,但是不包括终止子.ORF的数据在进入NCBI主页的右下侧一个叫ORFfinder的超链接里,点击进去后输入相应序列的mRNA序列,然后再点击ORF find就可以预测处它的ORF,但是往往会有很多结果,一般来说第一个结果是真实的,其余的都是假阳性的.
fasta格式指的就是一个大于号开头,后面跟上这段序列的描述,然后另起一行就是数列,给你个例子你就知道了,如下,这就是人类USF1 mRNA的fasta格式
>gi|46877100|ref|NM_007122.3| Homo sapiens upstream transcription factor 1 (USF1),transcript variant 1,mRNA
AACATGGCCGCGGGCTGGAAGTGCGCATGAGCAGCTGTCTATGGAGATACCTAGGCCGGGAGAGGGAGAA
CACAGTTGGAGAAAATCGGCAGCTGAGACGGCCTTGGCCGGACTTAGCACTCAGGCCTGTGAATCAGGAG
ATACAAAGACCTCCAAAAAAGGACCAGTTCCTCGGATGTGCCCCCTCACAGAGAGATGAAGGGGCAGCAG
AAAACAGCTGAAACGGAAGAGGGGACAGTGCAGATTCAGGAAGGTGCAGTGGCTACTGGGGAAGACCCAA
CCAGTGTGGCTATTGCCAGCATCCAGTCAGCTGCCACCTTCCCTGACCCCAACGTCAAGTACGTCTTCCG
AACTGAGAATGGGGGCCAGGTGATGTACAGGGTGATCCAGGTGTCTGAGGGGCAGCTGGATGGCCAAACT
GAGGGAACTGGCGCCATCAGTGGCTACCCTGCCACTCAATCCATGACCCAGGCGGTGATCCAGGGTGCTT
TCACCAGTGATGATGCAGTTGACACGGAGGGGACAGCTGCTGAGACGCACTATACTTACTTCCCCAGCAC
GGCAGTGGGAGATGGGGCAGGGGGTACCACATCGGGGAGTACAGCTGCTGTTGTTACTACCCAGGGCTCA
GAGGCACTGCTGGGGCAGGCGACCCCTCCTGGCACTGGTCAATTCTTTGTGATGATGTCACCACAAGAAG
TACTGCAGGGAGGAAGCCAGCGCTCAATTGCCCCTAGGACTCACCCTTATTCCCCGAAGTCAGAAGCTCC
CCGGACGACTCGGGATGAGAAACGCAGGGCTCAGCATAATGAAGTGGAGCGTCGCCGCCGAGACAAGATC
AACAACTGGATCGTGCAGCTCTCCAAGATAATCCCAGACTGCTCTATGGAGAGCACCAAGTCTGGCCAGA
GTAAAGGTGGGATTCTATCCAAAGCTTGTGATTATATCCAGGAGCTTCGGCAGAGTAACCACCGCTTGTC
TGAAGAACTGCAGGGACTTGACCAACTGCAGCTGGACAATGACGTGCTTCGACAACAGGTGGAAGATCTT
AAAAACAAGAATCTGCTGCTTCGAGCTCAGTTGCGGCACCACGGATTAGAGGTCGTCATCAAGAATGACA
GCAACTAACTATGGGGATTCAGGGGCTTTGGGCCCAAGAACTGCAGATAGCCCAGGAGCAACAGCCTAAT
CCCGTGCCCCTTTCCTTCACTGCCCCACTTCTGGCATGGGACAGGGGGAAGTTCAGAAGGTGTGTCCTTG
AACTGAGGCCCTGTGATATGGCGGCCTGCAGTGGTGTGAAACACACAATGTGGACGTGCACTGACAGCCT
TGCCCACCCCCACCATGCAGCCCCTGGGCCCTTGTGCTCCTCTCGCACAATGCATGTGCTGTCTCCATGC
TGGATACTGGACACACTAAACTCTGGGGCTTGTCCTGTGCTTGCTTAGAGTGCCCAGCAGAGGTTTGCTG
ACAGGTGATGCTCTGGCTTGCCCCAGGACTCTGGCACTTCCATTGGTTCTTCCTTTCCCTGGAGCTGAGG
TTTAGATGTGCAACCTGTGGCTCAGGGGAGCAAGCTTACACAAGAAGTGAGGGAAGGATGTTTAGCAGTG
GCTGGTGCCCATGAAGAGGAGATTGGCCAGTGAGAAGCTGAGGCCTATGCAGACATCTCTGGAGCCAGAG
AGAACAACAGGCAGGGGCCCACTTGGGGCCTTCCCCCTTGTGGGGGTCGTTTTTTTTTTTTCTTTTCTTT
TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAGATAAAATTGTTCAAAGCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAA
这就是fasta格式,你可以以TXT的方式保存,也可以以后缀名为.fasta的方式保存,然后以文本文件打开就行了,说白了就是个文本文件呵呵.一般情况下这样就可以了,但是如果用blast2go来做GO分类的话,就必须用.fasta来保存,否则该软件不识别.详细的在NCBI上都有的,自己可以去看.

ORF 开放阅读框 open reading frame
基因的功能,你就要看具体的注释信息了。这个一般是要自己动手动眼睛去查找。

上面有注释的啊~
或者用fasta格式看,在前几行

1.。知道基因的名称,建议在数据库中搜索相关文献(发表该基因时候的文献),一般都有功能方面的探讨,,否则也不会发文章出来了
2.。如果知道一个区域,那么到专业一点的数据库里面去找有什么基因
区域最好小一点吧,不要太大。看起来很麻烦的...

全部展开

1.。知道基因的名称,建议在数据库中搜索相关文献(发表该基因时候的文献),一般都有功能方面的探讨,,否则也不会发文章出来了
2.。如果知道一个区域,那么到专业一点的数据库里面去找有什么基因
区域最好小一点吧,不要太大。看起来很麻烦的

收起

功能需要你去看人家在注释上列出的参考文献。不过有些对基因功能也是有简单描述的。
知道一个序列的话可以去用ORF搜寻。

在NCBI中如何查询基因的功能就是说,知道一个基因的名称,想知道功能,在NCBI中如何查询.我只知道怎么查询基因的位置.还有想问问,如果知道一个区域,怎么知道这个区域里有哪些基因?楼下说的 怎样在NCBI中查找马的功能基因?比如说与马的个体大小相关的功能基因呢? NCBI中查询有关Streptococcus pneumoniae基因组计划的情况(已完成测序亚种的有哪些,它们的基因组大小、基因数目、GC含量、rRNA、tRNA、假基因等情况各自如何?记录查询过程(用图片和文字说明) NCBI 中Gl 我在查询NCBI,发现查询的结果中有类似这样的标号:NP_001044802.1 GI:115441045, 已知一个基因名称和它mRNA和DNA的序列,怎样明确找出该基因各个功能区谢谢!我在NCBI上找到了基因的序列,如何就给定的一段基因能具体的找出那几个基因是什么功能啊? 在NCBI上怎么查找某一基因在不同种属中已公布的同源序列 在NCBI中怎么用已知的引物找目的基因(微生物) 请问,如何在NCBI中查找一段基因在菌体内所起到的作用? 生物信息学菜鸟问:已知一基因,怎样查询它有几个exon;已知一个snp位于外显子上,如何查询它为于几号exon大概知道在hapmap,ncbi等网站 上查,请尽量详细作答 如何在NCBI中查找某基因的外显子?急. 如何用NCBI查溶菌酶的基因全序列?如何查基因bank上的溶菌酶基因 OMPA的基因序列是什么?怎么在NCBI上查? 请问哪位大侠做过生物信息学分析的论文,水稻相关基因的最好,应该从哪些方面入手?在NCBI上进行BLASTA 比对后的序列该如何进行分析,比如与目的基因相似的基因序列的功能如何了解呢. 如何查询ncbi中搜索到的特定菌株的测序方法如题.我们已经在ncbi中寻找到索要菌株,但是连接中的文献没有提及测序方法,我们想知道这些详细信息,该如何进行.跪谢,作业就要交不了了,被deeadli 通过物种已知基因序列预测在其他物种中类似基因ncbi 如何查询基因序列 在NCBI中,如何获取一个物种的所有蛋白质序列和二级结构 我要查询所有物种的mRNA序列 在NCBI哪个里面